El inmueble que lo alberga fue construido a finales del siglo XVI y remodelado en 1998, con el proyecto y concepto museográfico del arquitecto Jorge Agostoni, de la compañía Museográfica, S.C. Se trata de una edificación que en sus orígenes funcionó como cofradía franciscana de la Santa Cruz de Jerusalem. Como museo abrió sus puertas al público el 9 de enero de 1999, con el objetivo de difundir la historia de la Tlaxcala colonial.
Comprende sucesos históricos, tales como: el auto gobierno indígena existente al principio de la Colonia, el inicio del mestizaje, la fusión de las culturas indígena y española, los tlacuilos (pintores) y sus códices coloniales y la colonización del norte de México, llevada a cabo por familias tlaxcaltecas.
El Mundo Material; Las Devociones; La Memoria; La Diáspora y Siglo XIX.
Brinda el servicio de visitas guiadas, con cita previa, y cuenta con una librería de textos especializados del Estado.
